期刊简介
本刊系肿瘤专业的学术刊物，主要报道肿瘤基础研究、实践研究、临床及流行病学研究成果。
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- 杂志名称：肿瘤杂志
- 主管单位：中华人民共和国教育部
- 主办单位：上海市肿瘤研究所 上海交通大学医学院附属仁济医院
- 国际刊号：1000-7431
- 国内刊号：31-1372/R
- 出版周期：月刊
期刊荣誉：中文核心期刊期刊收录：国家图书馆馆藏, 上海图书馆馆藏, 农业与生物科学研究中心文摘, 万方收录(中), 哥白尼索引(波兰), 文摘与引文数据库, CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), CA 化学文摘(美), JST 日本科学技术振兴机构数据库(日), 医学文摘, 剑桥科学文摘, 知网收录(中), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 维普收录(中)
通过整合分析解析AML1-ETO融合蛋白靶基因的方法
李易真；杨文涛；何苗苗；范惠咏；张济；王侃侃
关键词：白血病, 基因表达调控, AML1-ETO融合蛋白, 靶基因
摘要：目的:通过整合不同来源的表达谱数据和转录因子结合位点分析方法,以解析受AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因.方法:整合含有异常转录因子的表达谱数据和RNA干扰该转录因子的表达谱数据,筛选出与该转录因子密切相关的差异表达基因,应用转录因子结合位点分析法解析和评价该转录因子的潜在靶基因.以富集和干扰AML1-ETO融合蛋白表达的表达谱数据作为实例,具体解析AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因,并通过染色体免疫共沉淀-实时定量PCR(chromatin immunoprecipitation-real time quantitative-PCR,ChIPqPCR)验证这种方法的可靠性.结果:获得与AML1-ETO融合蛋白密切相关的基因311条,其中72条包含有AML1-ETO结合位点(上调25条、下调47条).上调和下调基因与背景基因组相比,差异均有统计学意义(P值均<0.005).整合之后,2组表达谱中共同调变的基因中,潜在AML1-ETO融合蛋白调控的靶基因比例更高.随机选择潜在靶基因进行ChIP-qPCR验证,证实这些基因大多能被AML1-ETO融合蛋白结合.结论:通过整合分析筛选AML1-ETO融合蛋白调控潜在靶基因的方法是可行的,且可信度较高.
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